A Montebello si trovava un insediamento romano, probabilmente una villa dipendente dalla vicina città di Clastidium (Casteggio). Nell'alto medioevo vi fu fondato un monastero benedettino dedicato ai santi Gervaso e Protaso, attorno al quale si andò formando il paese, che assunse presto notevole importanza. Il monastero ricevette ampie donazioni nei secoli seguenti, divenendo il maggior possidente locale.

Nel 1164 fu assegnato da Federico I (Barbarossa) alla città di Pavia. Nel 1175 gli eserciti della Lega Lombarda e di Federico si stavano per scontrare nei pressi di Montebello, ma si addivenne ad un momentaneo armistizio (pace di Montebello) che rinviava il confronto all'anno dopo (Battaglia di Legnano). Nel XIV secolo cominciò a prevalere la signoria dei Beccaria di Pavia, che nel 1469 ottennero il titolo di Conti di Montebello. La contea di Montebello comprendeva anche Verretto, Castelletto Po, Cantalupo e Regalia presso Bressana Bottarone, Torre del Monte (fraz. di Borgo Priolo) e Barisonzo (fraz. di Torrazza Coste).

Nel XVI secolo, nel Monastero di Montebello ai Benedettini si sostituirono i padri Gerolamini; il monastero fu soppresso nel 1782.

Nel 1631, estinti i Beccaria di Montebello, il feudo fu acquistato dallo spagnolo Rodrigo Orozco de Rivera, marchese di Mortara, da cui per eredità a Felice Machado de Silva, che nel 1638 divenne Marchese di Montebello. Nel 1682 il figlio Antonio vendette il marchesato a Paulo Spinola Doria de los Balbassos, che fu governatore di Milano, genovese naturalizzato spagnolo come i suoi discendenti, che tennero il feudo di Montebello fino all'abolizione del feudalesimo (1797).

Nella battaglia, avvenuta a Montebello il 9 giugno 1800, i Francesi al comando del generale Jean Lannes vi sconfissero gli Austriaci guidati dal generale Ott.

Nel 1859 vi fu combattuta un'altra celebre battaglia, preludio dell'unificazione d'Italia. In ricordo di ciò, nel 1958 il comune di Montebello ricevette il nome attuale.

Nel 1818 a Montebello era stato aggregato il piccolo comune di Canova Ghiringhelli, all'estremità settentrionale del territorio, che non aveva mai fatto parte in precedenza del feudo di Montebello.

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